После успеха своей "Последней фантазии" компания Square незамедлительно приступила к разработке сиквела. Вторая часть была выпущена к новогодним праздникам в 1988 году, то есть на следующий год после выпуска первой. Правда, поиграть в неё могли только жители Японии, поскольку нигде больше игра не выпускалась. Возможно, американцы посчитали игру слишком сложной в прохождении для своей публики.
Однако, через несколько лет она не только была издана в Америке, в Европе и вообще во всём мире, но и усовершенствована и портирована на многие игровые платформы.
Игра начинается с того, как четыре молодых воина (теперь среди них есть и девушка) ведут борьбу против могущественной и коварной страны Палмеции.
Во многих более современных версиях сюжет был дополнен.
В этой игре зарождаются многие элементы, без которых сегодня невозможно представить игры этой серии. Одним из таких ставших бессмертными элементов стала порода ездовых птиц чокобо. Также отныне везде будет фигурировать изобретатель по имени Сид, который специализируется в основном на конструировании летательных аппаратов, помогающих игрокам с комфортом путешествовать по миру. Также традицией для серии стал и тот факт, что каждая следующая игра никак не является продолжением истории предыдущей. То есть одна история где-то там в своём мире заканчивается, другая история в другом мире начинается, и между ними нет ничего общего, кроме разве что тех элементов, которые становятся традиционными. Однако, несмотря на то, что элементы в разных играх одни и те же, между ними тоже нет никакой сюжетной связи.
По сравнению с первой частью, игровая система была значительно изменена и создана едва ли не с нуля.
Изменилась система прокачки. Игра была лишена системы набора очков опыта. Теперь их попросту не было. А характеристики героя могут улучшиться или даже ухудшиться в зависимости от совершённых им действий. К примеру, если он будет часто использовать магические приёмы, его способность колдовать станет лучше, однако, частое применение магии неизбежно приведёт и к падению характеристики физической силы. У каждого персонажа есть также уровни владения каждым из присутствующих в игре типов оружия: мечом, посохом, луком и так далее.
Появилась возможность сохранять игру в любом месте на карте мира. Если раньше для этого обязательно нужно было предварительно использовать палатку, то теперь можно просто зайти в опции и сохранить игру. Правда, уровень HP и MP останется прежним.
Персонажи начали разговаривать друг с другом. Раньше можно было прочитать в текстовом окошке лишь чей-либо монолог. Теперь можно проследить за диалогом между героями.
Теперь все физические и магические приёмы можно применять как на врагах, так и на себе. Это порою бывает крайне полезно для повышения необходимых характеристик.